Эвакуация музеев западной части Советского Союза началась в первый же день войны — 22 июня 1941 года. В считанные дни музейные работники составляли списки ценностей, добивались разрешения на эвакуацию, искали транспорт и упаковывали экспонаты. Они вывозили коллекции с линии огня и из оккупированных городов с разрешения властей или самовольно. На баржах, пароходах, в товарных поездах самые ценные предметы искусства переправлялись вглубь страны — туда, где они будут храниться в безопасности до конца войны.

Музеи Московского Кремля.

На следующий день после начала войны по распоряжению коменданта Московского Кремля Николая Спиридонова сотрудники музея начали демонтировать экспозицию Оружейной палаты. Первоначально коллекцию планировали укрыть во внутренних кремлевских помещениях — соборах, башнях, подвалах. Но из-за осложнения обстановки на фронте Спиридонов принял решение вывозить ценности на Урал. Из Москвы наиболее ценные экспонаты вывез директор музея Николай Захаров. С ним отправились несколько сотрудников и красноармейцы, охраняющие коллекцию. К 10 июля 1941 года в Свердловск (сейчас Екатеринбург) привезли почти всю коллекцию Оружейной палаты. В залах музея остались лишь экипажи: в военных условиях их транспортировка была невозможна. Также не демонтировали иконостасы кремлевских соборов. В Свердловске сотрудники музея закончили составлять охранную опись коллекции. Параллельно реставрировали некоторые экспонаты: привели в порядок трофеи Полтавской битвы, часы работы Майкла Меддокса (XVIII век), восстановили коронационное платье императрицы Елизаветы Петровны.

В 1944 году музей начал готовиться к возвращению в столицу. В апреле 1945 года экспозиция в Оружейной палате была полностью восстановлена. Первыми ее посетителями стали солдаты Кремлевского гарнизона, которые помогали перевозить ценности.

Государственный Дарвиновский музей.

Вскоре после начала войны основатель Государственного Дарвиновского музея Александр Котс подготовил список экспонатов к эвакуации первой очереди. В него вошли скелеты двух птиц — вымерших видов, редкие издания сочинений французского ученого Жоржа Луи Бюффона, атлас Джона Джеймса Одюбона «Птицы Америки» (сегодня это самая дорогая в мире печатная книга из проданных на аукционе), чучела тропических птиц, ценные шкуры животных, скульптуры и многие другие предметы. Ящики с ценностями были временно отправлены в хранилище Новодевичьего монастыря. Оставшиеся в Москве сотрудники музея старались сохранить здание Дарвиновского музея и коллекции, которые в нем находились. Картины и рисунки сняли со стен, упаковали в свертки и вместе с чучелами животных опустили в подвалы. Экспонаты укрывали бумажными колпаками от пыли; чучела прятали в картонные коробки.

Чердак здания и третий этаж, которые могли больше всего пострадать при бомбежке, освободили от экспонатов. Работники музея приготовили все необходимое, чтобы в случае пожара в здании его можно было быстро потушить. Эти меры оказались ненапрасными: в конце июля 1941 года в здание попала зажигательная бомба, на втором этаже началось возгорание. Его потушил сотрудник музея Филипп Федулов. В годы войны музейные работники собирали лом цветных металлов, теплые вещи для Красной армии; во время авианалетов в бомбоубежище Дарвиновского музея детям показывали диафильмы, читали лекции на военную тематику в госпиталях.

Севастопольский художественный музей имени Михаила Крошицкого.

Директор Севастопольской картинной галереи Михаил Крошицкий требовал от руководства разрешения на эвакуацию коллекции с первых дней войны. Но перевозку ценностей в более безопасное место постоянно откладывали. Картинная галерея продолжала работать даже в те дни, когда начались постоянные бомбежки. Когда немцы подошли к городу, Михаил Крошицкий без приказа на эвакуацию, на свой страх и риск, организовал отбор и упаковку самых ценных экземпляров коллекции. Живописные полотна и графические работы, скульптуры и произведения декоративно-прикладного искусства, старинные книги и журналы из музейной библиотеки перевезли сначала на Графскую пристань, затем погрузили на корабль и через несколько дней вывезли в Батуми. Следующие 13 месяцев директор галереи в одиночку сопровождал груз до Томска. Там, в здании областного краеведческого музея, экспонаты хранились до конца войны.

Когда коллекция музея в 1945 году вернулась в Крым, ее временно разместили в Симферополе. Севастопольская картинная галерея была разрушена прямым попаданием бомбы, все экспонаты, которые не были вывезены, погибли. Для размещения предметов искусства начали реставрировать Дом учителя, стоявший по соседству с бывшим музеем. Обновленная картинная галерея открылась в 1956 году. Сегодня городской художественный музей носит имя Михаила Крошицкого.

Зоологический музей МГУ имени Михаила Ломоносова.

Зоологический музей МГУ перестал принимать посетителей сразу же после начала войны: часть сотрудников отправилась на фронт, часть штата сократили. Однако силами оставшихся работников к эвакуации подготовили большую часть музейной коллекции. Осенью 1941 года ее должны были отправить в безопасное место. Однако попытка вывезти ценности не удалась, в Южном порту экспонаты пролежали больше месяца. Чуть позже их отправили по железной дороге в Ашхабад. В октябре 1941 года в музей попала бомба. В помещениях были выбиты стекла, разрушены витрины и стеклянный потолок Верхнего зала. Экспонаты, оставшиеся в музее, перенесли в Нижний зал и подвальные помещения. Зоологический музей начал работать весной 1942 года. Для посетителей открыли Верхний зал и Зал эволюционной морфологии. Не прекращалась и научная деятельность сотрудников музея. Музейные работники, сопровождавшие коллекцию в эвакуации, изучали фауну регионов, старались пополнить экспозицию новыми экспонатами. В 1943 году эвакуированные ценности вернулись в Москву, а в 1945 году музей открыл для посетителей все залы.

Государственный музей-заповедник «Царское Село».

Последняя экскурсия в Екатерининском дворце прошла 22 июня 1941 года. О начале войны сотрудник дворца-музея Вера Лемус вспоминала: «С этого дня содержанием и смыслом нашей жизни стала работа по отбору, упаковке и отправке вглубь страны старинных картин, мебели, обивочных тканей, фарфора и множества других предметов историко-художественного значения». Экспонаты начали выносить из залов. Картины вытаскивали из рам, скрепляли между собой и устанавливали в ящики. Большие полотна накатывали на валы, оборачивали тканью и клеенкой. Хрупкие предметы искусства заворачивали в бумагу, а ящики для них наполняли стружкой. С первым эшелоном в эвакуацию отправили изделия из драгоценных металлов, ценное оружие, две мозаики XVIII века, картины Ивана АйвазовскогоИльи Репина, Франца Крюгера, Николая Рериха.

К середине августа в музее оставались лишь три научных сотрудника — Тамара Попова, Евгения Турова и Вера Лемус. Они продолжали упаковывать коллекцию: наспех сколачивали ящики, косили и сушили траву на газонах, чтобы прятать в нее экспонаты, что-то заворачивали в газеты. Позже всё эвакуировали без упаковки, прикрывая бумагой или тканью.

Параллельно сотрудники музея пытались сохранить здание дворца: паркеты укрывали ковровыми дорожками (ворсом вниз); чердачные перекрытия смазывали суперфосфатом, чтобы сберечь от пожара; окна заклеивали бумагой, марлей и плотной тканью, а позже и забивали досками. Янтарную комнату и стеклянную облицовку спальни Екатерины II оклеили папиросной бумагой. В начале сентября начались непрерывные бомбежки и артиллерийские обстрелы города Пушкина, и вскоре его оккупировали немцы. Оставшиеся во дворце коллекции были уничтожены или вывезены на Запад.

После освобождения Ленинграда началась работа по возвращению экспонатов в город. Последняя партия ценного груза прибыла уже в 1945 году. Музейные работники вновь дежурили круглосуточно: вскрывали ящики, готовили научную документацию по восстановлению архитектурных памятников, налаживали экскурсионную работу. До 1952 года Центральное хранилище музейных фондов проводило работу по проверке сохранившихся экспонатов. В результате установили, что 65 % музейных предметов из четырех пригородных дворцов-музеев утрачены в годы войны.